Il paesaggio euganeo è dovuto alla presenza di due categorie fondamentali di rocce: vulcaniche e sedimentarie.
Le rocce sedimentarie
Esse sono le più antiche e si sono formate nel corso di milioni di anni dal deposito di fanghiglie calcaree e microrganismi.Tali rocce contengono, in molti casi, i resti fossilizzati di organismi marini ed è attraverso lo studio dei fossili (in particolare dei microfossili) che è possibile la datazione delle rocce stesse.
La serie di rocce sedimentarie marine affioranti negli Euganei è costituita da una successione di formazioni calcaree e calcareo marnose. La roccia sedimentaria più antica è il Rosso ammonitico (circa 130 milioni di anni), segue con gradualità la formazione del Biancone (fino a circa 90 milioni di anni), quindi, sopra il Biancone si estende la Scaglia rossa (da 90 a 55 milioni di anni). La serie si chiude con le Marne euganee, rocce di tipo calcareo argillose (poco più di 30 milioni di anni).
Il Vulcanesimo
Nel corso dell´Eocene Superiore si verificarono le prime eruzioni, sia a carattere effusivo che esplosivo, con colate sottomarine di lave basaltiche fluide. Alle eruzioni basaltiche si accompagnarono prodotti di esplosione che, depositandosi sul fondo marino, costituirono discrete bancate di tufi. Dopo un periodo di quiete di alcuni milioni di anni, nell´Oligocene inferiore, si verificò una intensa ripresa dell´attività vulcanica. L´emissione di magmi molto viscosi, la cui composizione si diversifica dai precedenti, portò alla formazione dei caratteristici coni eruttivi euganei costituiti da rioliti, trachiti e latiti, tutte rocce vulcaniche notevolmente acide in quanto ricche insilice.
Le eruzioni si sono verificate in ambiente sottomarino ma probabilmente i coni più elevati sono emersi dalla superficie del mare, determinando la creazione di un piccolo arcipelago di isolotti vulcanici. Tale configurazione si è protratta fino all´inizio del Quaternario (circa due milioni di anni fa) momento in cui un sollevamento generalizzato del bacino insieme a fenomeni alluvionali di grossa entità, diedero origine alla formazione della Pianura Padana.
Dopo l’emersione dal mare, un’erosione selettiva di milioni di anni ha prodotto un paesaggio tormentato e vario, disgregando e asportando in parte le coperture sedimentarie più tenere, mettendo quindi in risalto i duri corpi vulcanici in forme coniche levigate e snelle.