Il Chiostro Maggiore del Museo ospita il Lapidario del Museo Archeologico, un’esposizione di reperti lapidei che testimonia lo sviluppo dell’architettura romana nei suoi diversi aspetti.
Troviamo iscrizioni greche, paleovenete e latine, colonne baccellate (decorate con elementi a forma di bacelli), sfaccettate, o lisce e possiamo anche ammirare esempi di capitelli dorici e tuscanici, alcuni inseriti in colonnati, che coprono un arco di tempo piuttosto ampio, dalla metà circa del I secolo a.C. agli inizi del IV secolo d.C.
Sono conservati alcuni resti di cornici ad andamento curvilineo. La cornice più antica è databile forse all’età tardorepubblicana, per la presenza di trachite euganea e l’assenza di ornamentazione.
Di particolare interesse è il fregio d’armi in Roman Stone. Si tratta di un esempio della tecnica di lavorazione a blocchi monolitici di architrave a fregio con decorazione d’armi e, date le sue dimensioni, proviene da un edificio pubblico, forse un tempio.